Jak převést soubor TXT do FASTA

Krok 1

Otevřete textový soubor se sekvencí bílkovin, které chcete upravit v programu pro úpravu textu, například v programu Poznámkový blok.

Krok 2

Upravte nebo přidejte řádek popisu podle formátu FASTA. Například> gi | 129295 | sp | P01013 | OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED) je platný popisovací řádek FASTA. Tento řádek obsahuje jedinečný popis sekvence dat, která následuje. Formát FASTA vyžaduje použití symbolu větší než (>), aby program mohl identifikovat jedinečné popisné informace a zabránit zpracování popisu jako řady dat sekvence proteinů.

Krok 3

Stisknutím klávesy "Enter" vložte přerušení řádku po úpravě popisného řádku.

Krok 4

Upravit nebo přidat formát datové řady proteinových sekvencí tak, aby odpovídaly standardním kódům IUB / IUPAC. Standard IUB / IUPAC používá písmena abecedy, aby představovaly přijatelné kódy nebo dotazovací sekvence pro aminokyseliny nebo nukleové kyseliny ve formátu FASTA. Například QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE představuje platnou datovou sekvenci, protože začíná písmenem "Q", což představuje glutamin a končí písmenem "E", což představuje glutamát.

Krok 5

Přidejte další řady datových sekvencí, upravte stávající nebo přidejte řádky po 80 znaky podle potřeby. Přidání standardů řádků a přerušení řádků do datového proudu FASTA zajišťuje, že program sleduje pokyny týkající se glutaminu, glutamátu a dalších písmen. Písmena ve standardu IUB / IUPAC jsou prostě pokyny pro program, který zpracovává data ve formátu FASTA.

Krok 6

Klikněte na "Soubor", vyberte a klikněte na tlačítko "Uložit". Váš soubor TXT je již ve formátu FASTA.